Profundus wurde Anfang 1999 von Dr. Oliver Schröder in Hamburg mit dem Ziel gegründet, Consulting und Training zu den Themen Farbmanagement, PDF-Workflow und HELIOS Software für Kunden in Deutschland, Österreich und der Schweiz anzubieten.
Seit 2001 unterstützt Profundus die HELIOS Software GmbH in der technischen Dokumentation und im Pressebereich. Im gleichen Jahr startete eine 10 jährige technische Zusammenarbeit mit der DTS Medien GmbH, in dessen Verlauf zahlreiche Kunden in DACH im Pre- und Postsales-Bereich, im technischen Support und in der Entwicklung von Speziallösungen betreut wurden.
Ab 2003 nahm der Anteil der kundenspezifischen Softwareprojekte deutlich zu. Zahlreiche Mediendienstleister und Druckereien in Deutschland beauftragten Profundus mit der softwaretechnischen Integration vorhandener Standardapplikationen in einen durchgängigen Arbeitsablauf. Workshops zu den Themen Farbmanagement in der Druckvorstufe und PDF-Workflow wurden im gesamten deutschsprachigen Raum verstärkt nachgefragt.
Ab dem Jahr 2005 hat Profundus angefangen seine Dienstleistungen auch außerhalb von Europa anzubieten. In Kooperation mit der australischen Firma DataBasics Pty Ltd. hat Dr. Oliver Schröder in Sydney und Melbourne Workshops zur Nutzung eines HELIOS Servers in der Vorstufe durchgeführt. Dem schlossen sich Softwareprojekte für verschiedene Werbeagenturen in Australien an.
In 2008 baute Profundus seine Vertriebstätigkeit in den USA aus. Über webgestützte Trainings zur automatisierten Datenverarbeitung konnten weitergehende Kundenprojekte gewonnen werden. Parallel übernahm Profundus für die Firma Packet Color, Inc., den technischen Support für die HELIOS Kunden in den USA und in Kanada.
In 2009 konnte Profundus ein mehrjähriges Softwareprojekt für 4Over, Inc., eine der größten Onlinedruckerei für Geschäftskunden in den USA gewinnen. Auch in Deutschland kamen zahlreiche Projekte zur Betreuuung vorhandener Lösungen sowie zur Realisierung automatischer Arbeitsabläufe mit Kunden aus der Druck- und Medienindustrie hinzu.
In 2014 wurde die Profundus Solutions GmbH als zweites Standbein gegründet, um größere Softwareprojekte mit externen Entwicklungspartnern zu realisieren.